一般来讲的微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称 菌肥。
微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一
微生物肥料”或“专一微生物肥料”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为：固氮细菌菌剂、解磷细菌菌剂、解甲细菌菌剂、腐解细菌菌剂等。这些微生物菌剂都可以选择性地为农业生产服务。
总的来讲，微生物菌肥的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。
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